La CNCT co-gestiona diversos programas financiados por el Estado Nacional, enmarcados dentro del Programa de Ingreso Social con Trabajo del Ministerio de Desarrollo Social. Se trata de programas de fomento a partir de la demanda de obras, bienes y servicios por parte de la sociedad canalizados hacia las cooperativas de trabajo.
El principal de estos programas es el denominado Capacitación con Obra que ha permitido el desarrollo de proyectos destinados a obras de infraestructura urbana y trabajos comunitarios distribuidos en 14 provincias, generando miles de puestos de trabajo. La Confederación es la encargada de la administración de los fondos, bajo la coordinación del INAES y la dirección de las obras con la participación de decenas de federaciones locales involucradas, siendo las cooperativas las encargadas de llevar adelante la ejecución.